Ochrona Lasu jest szerokim pojęciem, które obejmuje bardzo różnorodne działania. Zabiegi zgrupowane są w kilku działach, które zależą od przyczyn powstania zagrożenia oraz od celu działania.

Ochronę Lasu dzielimy na

1. Ochrona przed zagrożeniami biotycznymi, a są to działania wynikające z wpływu organizmów żywych na środowisko leśne posiadają bardzo szerokie spektrum sprawców:

-Owady – zajmuje się szeroko pojętą profilaktyką i usuwaniem skutków działalności szkodników owadzich w różnych fazach rozwojowych drzewostanów.

Nasze lasy, podobnie jak lasy innych Nadleśnictw leżących w Krainie Karpackiej, ze względu na skład gatunkowy drzewostanów są na ogół odporne na zagrożenia ze strony szkodników owadzich, oraz na pożary. Okresowo, co kilka lat obserwujemy także zjawisko masowego pojawu mszyc żerujących na jodłach (szczególne w młodnikach). Są to obiałki korowa i pędowa. Pomimo naturalnej odporności na zagrożenia ze strony szkodników owadzich, corocznie konsekwentnie prowadzi się prace prognostyczne poprzez wykonywanie poszukiwań owadów w ściole i glebie, wykładanie pułapek feromonowych i klasycznych, a także w miarę możliwości na bieżąco usuwa się posusz, złomy i wywroty.

- Grzyby – jw. w odniesieniu do grzybów patogenicznych

Pewne zagrożenie stanowią choroby grzybowe, jak np. rak jodły, który jest szczególnie niebezpieczny dla młodników, opieńka miodowa, a oprócz tego różne gatunki hub (głównie związanych z jodłą). W drzewostanach z udziałem jesionu (42,67 ha) ciągle groźne jest zamieranie drzew we wszystkich klasach wieku będące wynikiem patogenicznej działalności grzyba Chalara fraxinea. W starszych drzewostanach przybiera postać choroby wieloczynnikowej, a możliwości działań ochronnych przed tą chorobą są w dalszym ciągu bardzo ograniczone.

-Zwierzyna leśna – obejmuje działania gospodarcze zmierzające do ograniczenia szkód wyrządzanych głównie w uprawach leśnych i młodnikach lub do zminimalizowania wpływu tych szkód na przyszły wzrost i jakość drzewostanu.

Realne zagrożenie szczególnie dla młodego pokolenia lasu (młodniki
i uprawy) istnieje ze strony zwierzyny płowej – sarny i jelenia. Natomiast w okresie ostatnich pięciu lat zaznaczyło się także zagrożenie dla młodników jodłowych ze strony żubrów. Corocznie w okresie zimowym obserwujemy migracje dużej części stada bytującego na terenie Nadleśnictw Baligród i Komańcza na obszar nadleśnictwa Lesko w okolice miejscowości Nowosiółki, Olchowa, Weremień, Huzele.

W obszarze działania Nadleśnictwa obserwujemy przestrzenne zróżnicowanie presji zwierzyny na młode pokolenie lasu. W części południowej zdarzają się zimowe koncentracje jelenia powodujące okresowo dotkliwe szkody w uprawach i młodnikach, natomiast w części pólnocnej, gęściej zaludnionej jeleń jest przechodni i nie powoduje wielkich szkód. Stosowane dotychczas metody i zakres prac z ochrony lasu przed zwierzyną przynoszą dobre efekty i dobrze rokują na przyszłość. Corocznie zabezpiecza się preparatem chemicznym „Emol" i „Cervacol" – ok. 350 ha młodych upraw, głównie jodłowych i bukowych. Na mniejszą skalę stosuje się grodzenie upraw siatką – tym sposobem chroni się głównie gatunki liściaste jak jawor, jesion, dąb, ewentualnie modrzew. Rocznie obejmuje się grodzeniem ok. 5 ha upraw. W zakres ochrony lasu wchodzi również ochrona pożytecznej fauny poprzez dokarmianie ptaków zawieszanie i czyszczenie budek lęgowych budek lęgowych.

2. Ochrona przed zagrożeniami abiotycznymi, są to działania wynikające z wpływu czynników nieożywionych środowiska, na których powstanie człowiek nie ma z reguły wpływu.

-Witar, śnieg, wysokie i niskie temperatury - polega głównie na usuwaniu szkód powodowanych przez te czynniki oraz działaniach zmierzających do uzyskania jak największej odporności drzewostanów na skutki oddziaływania wiatru i opadów śniegu.

W ostatnim dziesięcioleciu najpoważniejsze szkody powstałe w wyniku działania czynników klimatycznych wyrządziła okiść z października w 2009 roku, która spowodowała złomy na terenie całego nadleśnictwa. Złomy objęły praktycznie wszystkie gatunki z wyjątkiem jodły. Najbardziej ucierpiały dęby, modrzewie i sosny, oraz w mniejszym stopniu buki. Nie zanotowano jednak szkód powierzchniowych.

W latach 2015-2017 zaznaczył się wpływ bezśnieżnych zim, oraz niskich sum opadów w okresie wegetacyjnym, co skutkowało masowym wydzielaniem świerka, a także nasilonym wydzielaniem jesionu. Szkody od suszy zarejestrowano w 2016 roku, na powierzchni 118,35 ha.

W roku 2017, około 10 maja wystąpiły późne przymrozki, które spowodowały szkody, szczególnie w uprawach jodłowych. Uszkodzeniu uległy pędy boczne, które
w większości przypadków nie rozwinęły się. Chorobliwie wybujałe były za to pędy główne młodych jodeł. Powierzchnia, na której stwierdzono szkody to ok. 187 ha. Również w 2017 roku, w grudniu wystąpiły huraganowe wiatry, które spowodowały wiele złomów i wywrotów.

3. Ochrona przed zagrożeniami antropogenicznymi - działalność zmierzająca do usuwania skutków i zapobieganiu szkodom powstającym w wyniku działalności człowieka.

Na naszych gruntach główne szkody związane z działalnością człowieka to zaśmiecanie lasów, szczególnie wzdłuż szlaków turystycznych, ścieżek edukacyjnych oraz przy drogach publicznych, zwłaszcza w okresie wakacyjnym.

4. Ochrona przeciwpożarowa - bardzo rozbudowana działalność, głównie profilaktyczna prowadzona w celu jak najlepszego zabezpieczenia lasów przed powstawaniem pożarów.

W ostatnich latach ze względu na anomalie pogodowe przejawiające się bardzo małymi opadami i wysoką temperaturą na wiosnę i w jesieni wzrosło potencjalne zagrożenie pożarowe.